A、大自然中许多生物多姿多彩,具有观赏价值,属于直接价值,A错误;
B、对人体有害的病原体存在尚不清楚的价值,属于潜在价值,B错误;
C、有些生物的特殊功能对科学研究具有启发作用,属于直接价值,C错误;
D、森林具有调节气候、涵养水源、保持水土的功能,属于间接价值,D正确.
故选:D.
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