A、一个分子或一个原子是系统,但不是一个生命系统,A正确;
B、病毒不是一个生命系统,因为病毒不能独立完成生命活动,B正确;
C、无论单细胞生物中的一个细胞还是多细胞生物中的一个细胞均属于一个生命系统,C错误;
D、细菌为单细胞生物,属于生命系统中的细胞、个体结构层次,同时也参与构成种群、群落、生态系统、生物圈这些结构层次,D正确.
故选:C.
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