A、转基因生物的安全性问题主要包括食物安全、环境安全、生物安全,A正确;
B、食物安全是指转基因生物是否会产生出毒性蛋白或过敏蛋白,危害生物体健康,同时也担心转基因农作物的营养成分会发生改变,B正确;
C、环境安全是指转基因生物是否对环境造成新污染或破坏,从而影响生态系统的稳定性,C正确;
D、生物安全是指担心转基因生物可能影响生物多样性,从而对生物的多样性构成潜在的风险和威胁,D错误.
故选:D.
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