A、一对等位基因Aa遗传,只会发生基因的分离,不会发生基因的重组,基因重组发生在两对及两对以上基因的遗传,A错误;
B、基因A因替换、增添或缺失部分碱基而形成它的等位基因a属于基因突变,B错误;
C、减数第一次分裂四分体时期,同源染色体的非姐妹染色单体交叉互换,属于基因重组,C正确;
D、同卵双生兄弟间的基因型应该相同,所以他们之间性状的差异不是基因重组导致的,可能是突变或环境因素导致的,D错误.
故选:C.
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