生物进化最可靠的证据是

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A、化石是指保存在岩层中的古生物遗物和生活遗迹，化石在地层中出现的先后顺序，说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的，因此生物进化的最主要、最可靠的证据是化石证据，A正确；
B、胚胎学是研究动植物的胚胎形成和发育过程的科学，也为生物进化论提供了很重要的证据，如脊椎动物和人的胚胎早期都有鳃裂和尾，说明了脊椎动物和人是从某些古代的低等动物进化来的，但最主要、最可靠的证据是化石证据，B错误；
C、比较解剖学是对各类脊椎动物的器官和系统进行解剖和比较研究的科学，比较解剖学为生物进化论提供的最重要的证据是同源器官，但最主要、最可靠的证据是化石证据，C错误；
D、证明生物进化还可以通过对不同种生物的同一种蛋白质（如细胞色素C） 的分子结构或DNA分子的结构的研究．研究表明：亲缘关系越近的生物，其DNA或蛋白质分子具有越多的相同性；亲缘关系越远的生物，其DNA或蛋白质分子的差别就越大，但最主要、最可靠的证据是化石证据，D错误．
故选：A．

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