肺炎双球菌抗药性的变异来源是①基因突变 ②基因重组 ③染色体数目变异 ④染色体结构变异

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①肺炎双球菌属于原核生物，遗传物质是DNA，在DNA复制时能发生基因突变，①正确；  
②基因重组是生物体进行有性生殖的过程中控制不同性状的基因的重新组合，而原核细胞只能进行无性繁殖，不会发生基因重组，②错误；  
③原核细胞的DNA没有与蛋白质组合形成染色体，则不会发生染色体数目变异，③错误；  
④原核细胞没有染色体，因此不能发生染色体结构变异，④错误．
故选：A．

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