A、一块草地上的所有飞虫为多个种群,A错误;
B、一条小溪中的所有鱼为多个种群,B错误;
C、一段树干上的苔藓,真菌属于多个种群,C错误;
D、群落指在一定生活环境中的所有生物种群的总和,故一个湖泊中的藻类、鱼类、蚌等所有生物构成群落,D正确.
故选:D.
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