性生理发育是青春期生理发育的最重要和显著的特征之一。性生理包括性器官形态发育，性功能发育及第二性征发育三方面。性生理发育的内在原因是性激素（雄激素、雌激素）的作用，雌激素促进和维持女性生殖器官的发育，雄激素促进和维持男性生殖器官的发育，由于性激素作用的不同，形成了男女间第二性征的差异。
性器官形态发育：
两性在生殖器结构方面的差异称为“第一性征”，它是各自性别最根本的标志。
男女学生一旦出现了e68a84e799bee5baa631333332623330首次遗精和月经初潮则标志着青春期性功能发育的开始。
第二性征发育：
第二性征是指除生殖器官以外的男性或女性所特有的征象，男性第二性征发育主要表现在性毛（阴毛、腋毛、胡须等）的生长、变声及喉结的出现，女性第二性征发育主要表现在乳房的发育及阴毛、腋毛的生长等。
男性第二性征发育。男孩第二性征发育主要有阴毛、腋毛的生长，变声 及喉结突出，还有约 1/3男孩出现单侧乳房硬块乳头隆起疼痛，一般数月后即消失。
绝大多数女性第二性征出现于 8～13岁，从发育的第一个征象出现，到完全成熟期历时约需 1.5～6年或更长时间。第二性征的发育顺序，女性首先是乳房，次为阴毛，再为腋毛，月经初潮；男性首先是阴毛，次为腋毛，而胡须、变声、喉结等出现于阴毛和腋毛之间。上述顺序个体差异较大，据北京资料（1980～1986年）：女性符合上 述顺序的仅 27.61％，而顺序是乳房、月经初潮、阴毛、腋毛的占 22.85％， 而顺序是乳房、阴毛、月经初潮、腋毛的占 20.61％，但是绝大多数青春期学生第二性征发育的最早指标或第一顺序，女性为乳房发育，男性为阴毛发育。
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