A、酶的本质是蛋白质或RNA,因此酶是由氨基酸或核糖核苷酸组成的,A错误;
B、必需氨基酸是人体不能合成,只能从食物中获得的氨基酸,B错误;
C、蛋白质多样性与氨基酸的种类、数目、排列顺序和空间结构有关,细胞内氨基酸种类和数量相同的蛋白质不一定是同一种蛋白质,C错误;
D、细胞凋亡过程与细胞凋亡有关的基因进行表达,因此在细胞凋亡过程中,细胞会产生新的蛋白质,D正确.
故选:D.
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