A、“稻→萍→鱼”空间立体养殖体现了群落的垂直结构,可充分利用空间和资源,故A错误;
B、生态农业是按照自然规律设计的,提高了生态系统的能量利用效率,但不能提高能量传递效率,故B错误;
C、弃耕后的稻田发生的是次生演替,次生演替的一般过程是草本植物阶段→灌木阶段→森林阶段,因此一般森林是群落演替的顶级群落,故C错误;
D、放鱼的数量与萍的生长量相匹配,如超过环境承载力,则鱼的种群数量会减少,故D正确.
故选:D.
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