A、B、制作馒头和面包以及酿酒要用到酵母菌，酵母菌属于真菌，不符合题意．C、真菌等微生物能把动植物的遗体遗物分解成二氧化碳、水和无机盐等无机物，返回自然环境，被植物重新利用，可见微生物促进了自然界中的二氧化碳等物质的循环．不符合题意．D、制作酸奶要用到乳酸菌，制醋用到醋酸杆菌，乳酸菌和醋酸杆菌都是细菌，符合题意．故选：D
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