新文化运动深刻地影响了20世纪中国社会历史进程的思想观念体系，研究新文化运动有着“返本以开新”的特殊意义，主要原因在于

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试题分析：本题主要考查新文化运动的影响。根据材料信息，结合所学知识可知新文化运动宣扬的“民主”、“科学”精神深刻地影响了20世纪中国社会历史进程的思想观念体系及中国历史的走向，，选D是符合题意的，正确；选项A不是主要原因，不符合题意，排除；改造中国已经制度层面推进到思想层面才正确，选项B不符合题意，排除；选项C的“全面”清算过于绝对化，不符合题意，排除；故本题选D。

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