A、非等位基因随非同源染色体的自由组合而组合,这说明核基因与染色体之间存在平行关系,A正确;
B、基因突变是指基因中碱基对的增添、缺失或替换,这不会导致染色体发生变化.因此,基因发生突变而染色体没有发生变化不能说明核基因与染色体之间存在平行关系,B错误;
C、二倍体生物形成配子时基因和染色体数目均减半,这说明核基因与染色体之间存在平行关系,C正确;
D、Aa杂合子发生染色体缺失后,可能会表现出a基因的性状,说明基因A随着染色体的缺失而消失,这表明核基因与染色体之间存在平行关系,D正确.
故选:ACD.
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