A、细胞的体积越大,相对表面积就越小,物质运输的效率越低,A错误;
B、植物叶肉细胞利用核孔实现核内外RNA和蛋白质的交换,DNA不能通过核孔,B错误;
C、从生命系统的结构层次来分析,一个大肠杆菌既属于细胞层次,也属于个体层次,C错误;
D、水稻为植物,其生命系统结构层次为细胞→组织→器官→个体→种群→群落→生态系统→生物圈,D正确.
故选:D.
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