A、基因工程是人工进行基因切割(目的基因的获取)、重组(基因表达载体的构建)、转移(将目的基因导入受体细胞)和表达(目的基因的检测和鉴定)的技术,是在分子水平上对生物遗传做人为,A正确;
B、基因工程的优点是能定向地改变生物的性状,突破了物种之间的生理隔离界限,B正确;
C、外源基因的自然界中存在的基因,则基因工程食品即转基因食品中合成的成分是天然的,不一定存在安全性问题,C错误;
D、基因工程是将一种生物的基因导入另外一种生物的DNA上,因此能打破了物种与物种之间的界限,D正确.
故选:C.
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