孟德尔基因分离定律的实质是成对控制相对性状的遗传因子彼此分离，时间是减数第一次分裂后期，原因是同源染色体分离。A、孟德尔假说核心要点就是位于一对同源染色体上的一对等位基因，在减数分裂形成配子过程中，随着同源染色体分离而分离到不同配子，A正确；B、F2性状分离比为3：1是F1形成比例相同的配子，自交实验结果，B错误；C、F2基因型1：2：1是孟德尔发现分离定律的演绎推理的结果，C错误；D、配子结合机会均等是孟德尔发现分离定律时作出的假说内容，D错误。故选A。
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