A、骨骼肌、心肌、平滑肌都是蛋白质,基本组成单位是氨基酸,因此三者水解的终产物都是氨基酸,A错误;
B、蛋白质的基本组成元素是C、H、O、N,组成元素不同不是蛋白质分子多样性的原因,B错误;
C、不同蛋白质的氨基酸的连接方式相同,都是氨基酸通过脱水缩合反应由肽键连接,C错误;
D、蛋白质结构的多样性决定功能多样性,人体肌肉主要是由蛋白质构成的,但骨骼肌、心肌、平滑肌的功能各不相同的原因是三种蛋白质的分子结构不同,D正确.
故选:D.
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