A、细胞核代谢活动的控制中心,细胞核主要决定细胞生命活动,A正确;
B、叶绿体、线粒体、原核生物都没有染色质,故染色质都存在于细胞核中,B正确;
C、细胞核是储存DNA的主要场所,C正确;
D、细胞质基质是细胞代谢的主要场所,D错误.
故选:D.
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