清代行政区划一般采取省、府、县三级制。此外部分地区设州和厅，前者地位同于府，后者同于县，蒙古地区全被征服后，清室因其部落故俗，分其地为若干蒙旗，以理其政，并赋予高度的治权。对西南地区的外族首先沿用明朝的土司制度，后大多改土归流。材料说明清朝

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材料信息显示，清代的地方行政制度，在蒙古、西南等地各不相同，主要是基于不同的地区采取不同的制度，体现了清代地方行政制度因地制宜，故B项正确。材料并没有相关废除行省制的信息，故A项错误。材料表明清代的地方制度有其创新之处，如蒙古地区实行蒙旗制，西南地区后改行土司制度，因此不能说明是沿用明代的制度，故C项排除。清代少数民族只是推行不同于其它地方的行政制度，并没有实行自治，故D项错误。

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