小明的爸爸是双眼皮(Aa)、妈妈是单眼皮(aa),小明也是单眼皮。控制小明眼皮的基因组成是:

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显性基因用大写字母表示，显性性状的基因组成为：AA或Aa，隐性基因用地写字母表示，隐性性状的基因组成为：aa，由题目可知，人的双眼皮是显性性状，是由显性基因控制的，单眼皮是隐性性状，是由隐性基因控制的，爸爸是Aa，妈妈是aa，那么孩子的基因组成为Aa、aa，其中Aa性状为双眼皮，aa性状为单眼皮，小明是单眼皮，所以基因为aa，故选B。

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