A、果酒和果醋发酵的原理不同,前者是无氧呼吸,后者为有氧呼吸,A正确;
B、制作果酒和果醋时都应用体积分数为70%的酒精对发酵瓶进行消毒,B正确;
C、利用果酒发酵的产物及装置进行果醋发酵时,除了要改变温度,还要进行通气,C错误;
D、参与果酒制作的微生物是酵母菌,属于真核生物,参与果醋制作的微生物是醋酸菌,属于原核生物,D正确.
故选:C.
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