A、斑马在草原上成群活动是集群分布，故A错误；
B、每毫升河水中有9个大肠杆菌是指种群密度，为种群的数量特征，不属于种群空间特征，故B正确；
C、稗草在稻田中随机分布是指空间特征中的随机分布，故C错误；
D、木棉树在路旁每隔5米种植属于均匀分布，故D错误．
E、秋天大雁南飞为为鸟类的迁徙行为，不属于种群空间特征，故E正确．
故选：BE．
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