A、单基因遗传病是受一对等位基因控制的遗传病,A错误;
B、镰刀形细胞贫血症的人与正常人相比,其基因中有1个碱基对发生了改变,B错误;
C、猫叫综合征的人与正常人相比,第5号染色体发生部分缺失,为染色体结构异常遗传病,C正确;
D、患苯丙酮尿症为常染色体隐性遗传病,后代的发病率与性别无关,D错误.
故选:C.
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