A、猫叫综合症是人类第5号染色体缺失一部分所致，染色体结构的变异，A错误；
B、先天性愚型的成因是多一条第21号染色体，属于染色体数目的变异，B错误；
C、非同源染色体之间相互交换片段属于染色体结构变异（易位），而同源染色体之间交换了对应部分而引起的变异属于基因重组，C正确；
D、普通小麦和黑麦培育形成八倍体小黑麦，原理是染色体数目的变异，D错误．
故选：C．
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