选项A、质子数相等微粒可能同种元素的两种原子,正确;
选项B、质子数相等微粒可能是不同种分子,例如水分子和氨分子,正确;选项C、质子数相等的微粒可能是一种原子和一种分子,例如氖原子和水分子,正确;
选项D、根据ABC的分析,三种情况都有可能;
故选:D.
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