A、生物进化的实质是种群基因频率的改变，A错误；
B、自然选择决定生物进化的方向，所以害虫抗药性不断增强是因为农药对害虫进行了定向选择，B正确；
C、地理隔离使种群间基因不能交流不一定会导致生殖隔离，C错误；
D、共同进化是指生物与生物之间、生物与环境之间的共同进化，生物多样性的形成是共同进化的结果，其结果是产生了遗传、物种、生态系统三个层次的多样性，D错误．
故选：B．
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