A、基因的自发突变率虽然很低,但能产生新基因,为生物进化提供原材料,A正确;
B、不同基因型的个体对环境的适应性可相同(如AA或Aa),也可不同(如AA和aa),B正确;
C、进化的基本单位是种群,C错误;
D、环境发生变化时,种群的基因频率可能改变,也可能不变,D正确.
故选:C.
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