A、基因是遗传物质的功能单位,可以通过转录和翻译决定性状,A正确;
B、基因控制性状是通过控制蛋白质合成来实现的,而不是直接控制性状,B正确;
C、蛋白质的结构可以直接影响性状,如镰刀型细胞贫血症,C正确;
D、基因控制蛋白质的合成,蛋白质的功能可以影响生物的性状但不能控制性状,D错误.
故选:D.
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