A、真核细胞有核膜包被的细胞核,原核细胞没有核膜包被的成型细胞核,只有拟核,A正确;
B、内质网是由膜结构连接而成的网状物,内连细胞核,外连细胞膜,所以核膜与内质网膜在结构上有直接联系,B正确;
C、DNA主要分布在细胞核中,细胞质中也有少量DNA,所以细胞核是DNA分布的主要场所,C正确;
D、细胞核是活细胞代谢和遗传的控制中心,细胞质基质是进行细胞代谢的主要场所,D错误.
故选:D.
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