A、转基因抗虫棉的培育过程是利用基因工程技术将苏云金芽孢杆菌的Bt毒蛋白基因转入到普通棉株细胞内,并成功的实现了表达,所以属于基因工程在实际中的应用,A错误;
B、探针是用放射性同位素(或荧光分子)标记的含有目的基因单链DNA片段,所以属于基因工程在实际中的应用,B错误;
C、“工程菌”是指利用基因工程技术将外源基因导入受体细胞的过程,所以属于基因工程在实际中的应用,C错误;
D、将C4植物细胞内的叶绿体移入C3植物细胞内属于细胞工程,不属于基因工程在实际中的应用,D正确.
故选:D.
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