原子在化学上的不可分，不能说明整个物质结构不可分。科学发展早已证明，在物质结构上，原子是可分的。原子在化学上的不可分与在物质结构上的可分，表现着原子可分与不可分的辩证统一。在提出化学原子论时，人们由于受到当时科学水平和形而上学自然观的限制，认为这是从科学上找到了古希腊哲学家预言的那林不可再分割的统一的“原始物质”，并仍然用“原子”这一名称。恩格斯曾对这种思想作了深刻的分析，提出决不能把原子作为简单的东西或已知的最小的实物粒子，并提出物质世界具有无限层次结构的思想，认为原子不过是其中的一个层次，物质是无限可分的。
以后的科学发展的事实，证实了思格斯的论断是正确的。19世纪末，汤姆逊在明极射线的实欢研究中，发现阴极射线在椭场或电场炸用下会发生偏转，根据偏转的方向和大小．确定这种射线的粒子是带负电的，质量只有氦原子的1／1800，给它取名叫“电子”。电子比最小的原子即氢原子都小得多。这说明电子是原子里面的东西，原子不能再被看成是最小的粒子了。而后科学的发展又不断证明了原子的可分性。到目前为止，所发现的300多种粒子，就是一个很好的证明。
科学实验的事实证明，原子的不可分是相对的，在一定具体的范围内，在特定的意义上是不可分的；而超出一定范围则是可分的．我们不能采取形而上学的方法．只看到一定范围的不可分性，并把它绝对比。这种思维方法是不符合实际的，会给科学的研究带来极大的危害。
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