A、种皮包裹在种子的外面起保护作用，不是种子的主要部分，错误．
B、植物的种子是由种皮和胚组成的，而胚是由胚根、胚芽、胚轴和子叶组成的，将来发育成植物体，为种子的主要部分，正确．
C、植物的种子是由种皮和胚组成的，而胚是由胚根、胚芽、胚轴和子叶组成的，所以胚是种子的主要部分而不是胚乳，错误．
D、植物的种子是由种皮和胚组成的，胚是种子的主要部分，种皮包裹在种子的外面起保护作用，不是种子的主要部分．错误．
故选：B．
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