A、孟德尔在研究豌豆杂交实验时,运用了假说-演绎法,A正确;
B、萨顿根据基因和染色体的行为存在平行关系,采用类比推理法提出基因位于染色体上的假说,B正确;
C、赫尔希和蔡斯利用噬菌体研究遗传物质时,运用了放射性同位素标记法,C错误;
D、沃森和克里克运用了建构物理模型的方法研究DNA分子结构,D正确.
故选:C.
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