A、有的分子比有的原子大,有的原子比有的分子大,所以分子和原子不能比较大小,故A错;B、由分子直接构成的物质,分子保持物质化学性质,由原子直接构成的物质,原子保持物质化学性质,故B错;C、分子与原子都是构成物质的微粒,但这不是二者的区别,故C错;D、在化学反应中分子分成原子,原子再重新组合成新的分子,所以分子在化学反应中可以再分而原子不能再分,故D正确故选D
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