A、受体细胞中检测到标记基因并不代表目的基因已经导入,也有可能导入了普通质粒,并且即使目的基因导入不能代表就一定能成功表达,A错误;
B、基因工程操作中的工具酶有限制性核酸内切酶、DNA连接酶,运载体不属于工具酶,B错误;
C、抗虫棉的目的基因是苏云金芽孢杆菌中的毒蛋白基因,C错误;
D、抗虫棉的体细胞中只含有一个抗虫基因,可以认为是杂合子(Aa),因此抗虫棉的后代中可能有不抗虫的个体(aa),D正确.
故选:D.
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