A、细胞分化后，细胞的形态结构发生了稳定性差异，A正确；
B、细胞分化后，细胞的功能发生了稳定性差异，B正确；
C、细胞分化不会改变细胞核中的遗传物质，所以细胞中的染色体数目不变，C错误；
D、细胞分化的实质是基因的选择性表达，因此细胞中蛋白质的种类和数量都会发生变化，D正确．
故选：C．
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