A、甲型H1N1型病毒和大肠杆菌都没有成形的细胞核,A错误;
B、甲型H1N1型病毒没有细胞结构,但大肠杆菌有细胞结构,因此有无细胞结构是两者最大的区别,B正确;
C、甲型H1N1型病毒没有细胞结构,没有细胞壁,大肠杆菌有细胞壁,但这不是两者最大的区别,C错误;
D、甲型H1N1型病毒与大肠杆菌都有遗传物质,D错误.
故选:B.
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