A、基因能直接或间接控制一种性状,A正确;
B、基因通过转录和翻译控制一种蛋白质的合成,B正确;
C、基因通过转录形成信使RNA,C正确;
D、遗传密码位于信使RNA上,不在基因上,D错误.
故选:D.
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