我国区域经济发展中存在的主要问题：
1、区域经济发展的巨大差异致使国家总体改革目标进退维谷。
由于在改革开放初期，我国对东南沿海地区实行政策倾斜、资金倾斜，加上其地理位置优势，目前东南沿海与中西部的发展差距凸显出来了。向沿海倾斜的区域政策使全国经济重心总体向东南偏移，中西部地区的经济类型和产业结构与东部地区也产生了很大差异。东南沿海区域与中西部地区之间在经济发展水平上的巨大差异，使以市场为导向的宏观经济改革目标与区域经济发展目标之间发生冲突，使国家总体改革方案难以设计与贯彻落实。
2、地方割据现象仍比较严重。
在地区差距日渐扩大的背景下，受地方利益的驱使，各地方政府或以公开的形式，或以隐蔽的形式实行地方保护主义。如区域间为争夺紧俏资源而展开的资源大战；构筑名目繁多的贸易壁垒和行政壁垒；互相实行资源、技术、人才、商品的垄断和封锁等来保护本地区的利益。不仅造成了流通渠道堵塞，各种商品和生产要素不能自由流动，而且使地区、行业、企业间的优势无法互补，造成资源浪费，并最终导致竞争、开放、统一的国内大市场难以形成。目前，各地区进一步扩张面临的共同障碍，是行政体制分割，各自为政，行政性区际关系替代了市场性区际关系，难以做到资源的优化配置及经济融洽。
3、不发达地区的造血功能不足。
对不发达地区而言，其基础设施建设明显落后于沿海发达地区，优惠政策也没有绝对的优势，缺乏足够的吸引力，更为重要的是不发达地区产业结构落后，缺乏对外部资金的吸引力。人才缺乏，科研经费不足，使不发达地区的经济发展雪上加霜.
4、“资源换增长”模式普遍存在。
很多地方政府用土地和优惠政策招商引资作为促使本地经济发展和GDP增长的最优选择，这是区域经济可持续发展面临的一个最普遍的问题。
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