当多种因素损伤免疫防御功能及人体免疫力时，病原菌直接抵达下呼吸道，孳生繁殖，引起肺泡毛细血管充血、水肿，肺泡内纤维蛋白渗出及细菌浸润。
临床上常出现发热、咳嗽、气促、肺浸润、炎症体征及X线改变等。病情严重者气体交换亦有不同程度的障碍。除某些由葡萄球菌或革兰染色阴性菌所致的坏死性病变外，肺炎治愈后多不遗留瘢痕，肺的结构与功能均可恢复如前。
非典型肺炎患者主要表现为急性起病，以突然发热为首发症状，体温38℃～40℃(发烧越高，病情发展将越重，偶有畏寒)。同时伴有关节痛、关节酸痛和全身酸痛、乏力，可有胸痛或腹泻。有逐渐明显的呼吸道症状，干咳、少痰，个别病人偶有血丝痰，部分病人出现呼吸急速、气促等症状，个别病人可发展成为低氧血症、呼吸窘迫综合征，导致呼吸衰竭、休克。多数病人症状较轻。
肺部体征变化不是很明显，听诊时可有一些干罗音或湿罗音，但不明显，发病10到14天为病情进展期，14天后逐渐恢复，体温正常。
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