A、三倍体西瓜的培育原理是染色体变异，三倍体西瓜不可育，与二倍体不是同一个物种，A错误；
B、基因重组和染色体变异均使DNA分子中基因发生改变，整个DNA中碱基序列可能发生改变，B正确；
C、杂合子Aa只有一对等位基因，基因重组至少要有两对等位基因，基因重组并未产生新基因，C错误；
D、花药离体培养过程中细胞增殖方式是有丝分裂，没有基因重组，D错误．
故选：B．
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