元朝时,专门负责管理全国佛教事务和藏族地区军政事务的机构是

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总制院，后改称宣政院。
在1260年年底，忽必烈就封八思巴为国师，赐给玉印，命他总管全国的佛教事务。1264年，忽必烈又派八思巴和他的弟弟恰那多吉从大都动身返回西藏，临行时，忽必烈赐给八思巴一份《珍珠诏书》，并封恰那多吉为白兰王，赐给金印。对他们兄弟的这种封赐，显然与委托他们去办理藏族地区的行政管理事务有关。
就在这个时期，忽必烈在中央政府中设立总制院（到1288年改名为宣政院），作为掌管全国佛教事务和藏族地区的行政事务的中央机构，并命国师八思巴领总制院事，国师之下设总制院使掌管日常事务，院使之下还有同知、副使、佥院等官员。宣政院的院使初设时为两员，后增减不一，最少时为一员，多时至六员、十员。
《元史·释老传》说：“其为使位居第二者，必以增为之，出帝师所辟举”，《百官志》说：“其用人则自为选，其为选则军民通摄，僧俗并用。”可见宣政院自己有一定的人事权，其官员中有僧人，也有俗人，有蒙古贵族，也有藏族人，担任过宣政院院使的最著名的藏族人是忽必烈的丞相桑哥。
宣政院使作为朝廷重要官员，是由皇帝直接任命的，这就确定了八思巴建立的西藏的行政体制从一开始就是与元朝中央的行政体制相联系的，是元朝行政体制的一部分。而且八思巴的领天下释教特别是统领藏传佛教各派寺院和僧人又同时领总制院事的这种身份，标志着忽必烈和八思巴对西藏行政体制的设想是政教结合、僧俗并用的一种行政体制。元朝在藏族地区设置的各级机构的高级官员，由帝师或宣政院举荐，上报皇帝批准，授与金牌、银牌、印章、宣敕。
从藏汉文史料看，藏族世袭贵族和佛教僧人任职的，多由帝师举荐，宣慰使、都元帅、达鲁花赤等官职，多由宣政院举荐。宣政院还要管理西藏地方的法律执行情况，派员进藏清查户籍，审理万户之间的纠纷，复核案件。
另外，宣政院还要配合枢密院负责元朝在藏族地区的军事行动。

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