A、性染色体有决定性别的基因,但不是所有基因都与性别有关,A错误;
B、性染色体上的基因都是伴随着性染色体遗传的,B正确;
C、性染色体能控制性别的主要原因就是性染色体上有控制性别的基因,C错误;
D、初级精母细胞一定有Y染色体,次级精母细胞中由于同源染色体的分离,不一定含有Y染色体,D错误.
故选:B.
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