A、分子的质量不一定比原子的质量大，确切的说应该是分子比构成它的原子的质量大，故A错误；
B、分子能构成物质、原子也能构成物质，故B错误；
C、在化学变化中，分子能分、原子不能分，故C错误；
D、分子由原子构成的，故D正确．
故选D．
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