A、分子和原子不能直接比较大小，故A错误；B、分子和原子都在不断的运动，故B错误；C、分子和原子都是构成物质的微粒，故C错误；D、在化学变化中，分子可以再分而原子不可以再分，这是分子和原子的本质区别，故D正确；故选D
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