①生活在人大肠内的微生物属于群落层次;
②某一池塘中的全部鱼类没有包括所有生物,因此不是种群,也不是群落;
③肺炎患者肺部的肺炎双球菌属于种群层次;
④一根枯木及其上所有生物属于生态系统层次.
因此依次属于种群、群落和生态系统的一组③①④.
故选:D.
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