A、化石有规律地出现在不同地质年代的地层中，真实地记录了生物进化的历程，因此化石为生物进化提供了直接的证据，A正确；
B、生物化石是保存在地层中古代生物的遗体、遗物或生活痕迹，而不是保存在地层中的活的生物体，B不正确；
C、化石不仅是保存在地层中的古生物的遗体，还有古生物的遗物或生活痕迹等，C不正确；
D、越简单、越低等的生物化石大多出现在越古老的地层里，而越复杂、越高等的生物化石则出现在越新近形成的地层里，D不正确．
故选：A．
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