根据题意可知，水稻的遗传因子组成为Aa，其产生的配子的种类及比例为A：a=1：1，因此该个体自交产生的后代基因型及比例为AA：Aa：aa=1：2：1，其中AA和aa均为纯合体，因此自交后代中的纯合体占总数的50%．
故选：B．
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