A、氨基酸脱水缩合的场所是核糖体,核糖体含有RNA,即含有尿嘧啶,与题干相符,A正确;
B、水光解的场所是叶绿体,叶绿体含有RNA,即含有尿嘧啶,与题干相符,B正确;
C、葡萄糖分解成丙酮酸的场所是细胞质基质,不是细胞器,与题干不符,C错误;
D、ATP的合成场所包括细胞质基质、线粒体和叶绿体,其中线粒体和叶绿体是含有RNA的细胞器,与题干相符,D正确.
故选:C.
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