A、目的基因可以使编码蛋白质的基因,也可以是一些调控因子,A错误;
B、病毒可以作为基因工程中的载体,B错误;
C、基因表达载体的构建包括目的基因、启动子、终止子、标记基因等部分,C错误;
D、作为载体的质粒DNA分子上应有标记基因,便于对重组DNA进行鉴定和选择,D正确.
故选:D.
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